چند سالی از آخرین دیدار میرزا با سید میگذشت، بالاخره قسمت شد و میرزای قمی، راهی عتبات شد. در نجف، میرزا ابوالقاسم قمیکه چند وقتی بود که تعریف علم بی حد و حصر سید را شنیده بود، نزد او رفت. در مجلس شخصی سوال بسیار مشکلی در زمینه ی علوم دینی از سید بحر العلوم پرسید و او مانند دریای مواج علم و دانش، جواب سوال را به راحتی داد.
مدتی از درس و بحث میرزا و سید بحرالعلوم و رفتن به جلسه های درس آقا باقر بهبهانی میگذشت و میرزای قمی در این فکر بود که چه شده که سید اینقدر در زمینه ی علمی پیشرفت کرده است. و با خودش میگفت: آخر در مباحثات آن زمان، من قوی تر از سید بودم و من بودم که درس ها را برای او توضیح می دادم، پس باید جویای علت این تحول شوم!
همه رفتند و میرزای قمیبا سید بحر العلوم تنها شد و از او علت پیشرفتش را پرسید.
سید لبخندی زد و در حالی که دستی به محاسنش میکشید، گفت: میرزا ابو القاسم! جواب سؤال شما از اسرار است، ولى به تو مى گویم، امّا از تو تقاضا دارم، که تا من زنده ام، این موضوع را به کسی نگویی.
سید بحر العلوم به او گفت: راستش شبی به مسجد کوفه رفته بودم که متوجه شدم، آقایم حضرت ولى عصر (علیه السلام) مشغول عبادت هستند. ایستادم و سلام کردم، جوابم را مرحمت فرمودند ودستور دادند، که پیش بروم! من مقدارى جلو رفتم، ولى ادب کردم و زیاد جلو نرفتم.
ایشان باز فرمودند: جلوتر بیا.
پس چند قدمى نزدیکتر رفتم و باز هم فرمودند: جلوتربیا.
این بار من با شرم نزدیک تر رفتم و همه چیز در گرو آن قدم ها بود. آقایم آغوششان را باز کردند و مرا به سینه چسباندند و شد آنچه که میبینی.
حالا اشک، امان سید را بریده بود و میرزای قمیبه حال همدرس دوران جوانی اش غبطه می خورد.