وی در سال ۱۹۹۰ میلادی بازداشت و در دادگاه مصر محاکمه شد. حکم حبس ابد برای او در ۶ آوریل ۱۹۹۱ صادر شد.
دادگاه او را به قتل ۲۱ سرباز و زخمیکردن ۲۰ تن دیگر و نیز انهدام ۶ خودرو متهم کرد.
او پس از حدود ده سال حبس در سال ۲۰۰۰ از زندان آزاد شد اما از هرگونه فعالیت محروم بود. اکنون که رژیم “حسنی مبارک” دیکتاتور سابق مصر سقوط کرده، “أیمن حسن” به یکی از برنامه های شبکه ماهواره ای “المحور” دعوت شد تا ماجرای عملیات و زندانش را از زبان خودش بازگو کند.
وی در این برنامه تلویزیونی از ظلم و ستم رژیم “حسنی مبارک” به ویژه پس از آزاد شدنش از زندان سخن گفت. او ضمن اینکه در این برنامه تلویزیونی چندین بار اشک ریخت و گریه کرد، برخی داد و ستدهای نزدیکان و هواداران “حسنی مبارک” با دیگر کشورهای جهان، در مورد بازداشت خودش را بیان کرد.
او گفت: برخی کشورهای جهان به ویژه سران عربی در دیدارهای مختلف با “حسنی مبارک” و نزدیکان و هوادارانش خواسته بودند که مرا آزاد کند زیرا من که افراد بی گناهی را به قتل نرسانده بودم بلکه یک مشت اشغالگر و قاتل را به قتل رسانده بودم. این نزدیکان و هواداران “مبارک” هر بار به بهانه آزادی من از کشورهای عربی امتیاز میگرفتند اما مرا آزاد نمیکردند.