این موسسه همچنین مسئول جنبش مخفی مهاجران یهودی برای خروج آنها از سوریه، ایران و اتیوپی و مهاجرت دادن آنها به اسرائیل میباشد. عوامل موساد در حال حاضر در کشورهایی که سابقاً کمونیست بودند، غرب و سازمان ملل متحد فعال هستند.
دفتر اصلی موساد در تل آویو است. این مؤسسه در دهه ۸۰ بین ۱۵۰۰ تا ۲۰۰۰ نفر پرسنل داشت و برآوردهای اخیر حاکی از ۱۲۰۰ نفر کارمند میباشد. هویت مدیر موساد معمولاً جزو اسرار حکومتی تلقی میشود و یا حداقل اینکه در عموم و رسانه ها چیزی در باره وی مطرح نمیشود اما در ماه مارس سال ۱۹۹۶ دولت اسرائیل انتصاب ژنرال ارشد دانی یاقوم را به جای رئیس قبلی این مؤسسه یعنی شبتای شاویت که در اوایل سال ۱۹۹۶ استعفاء داده بود، اعلام کرد و در سپتامبر ۲۰۰۲ مئیر داگان به عنوان مدیر جدید موساد انتخاب شد.
موساد که در گذشته به عنوان مؤسسه هماهنگی و مؤسسه مرکزی اطلاعات و امنیت اسرائیل شناخته میشد، در اول آوریل سال ۱۹۵۱ تشکیل شد. موساد توسط نخست وزیر وقت رژیم صهیونیستی یعنی داوید بن گورین تاسیس شد که هدف آن را اینگونه اعلام کرد: «برای کشور ما که از ابتدای تاسیس تحت فشار دشمنانش قرار داشته است، اطلاعات به عنوان خط مقدم دفاع ضروری است و ما باید به خوبی بیاموزیم و بدانیم که در اطرافمان چه میگذرد».
موساد هشت بخش اصلی دارد با این وجود جزئیات سازمان داخلی آن همچنان مخفی باقی مانده است. بخش جمع آوری که بزرگترین بخش آن است و مسئولیت عملیات جاسوسی را برعهده دارد، دفاتری را در خارج اسرائیل تحت پوشش دیپلماتیک و غیررسمی تاسیس کرده است. این بخش شامل قسمت هایی است که هر یک مسئول نواحی ویژه جغرافیایی میباشند و هدایت مأموران فعال درآن نواحی را برعهده دارند. موساد از سال ۲۰۰۰ یک فعالیت تبلیغی گسترده را در جهت استخدام ماموران جدید جمع آوری خبر و اطلاعات آغاز کرد.
بخش همکاری و اقدام سیاسی:
فعالیت های سیاسی و همکاری با سرویس های اطلاعات خارجی کشورهای دوست اسرائیل و نیز کشورهایی که روابط دیپلماتیک عادی با اسرائیل ندارد را انجام می دهد. در دفاتر بزرگتر خود در کشورهایی مانند فرانسه، موساد دو کنترل کننده منطقه ای تحت پوشش کارکنان سفارت خود در پاریس دارد. یکی ازآنها برای بخش جمع آوری کار میکند و دیگری برای بخش همکاری و اقدام سیاسی.
بخش عملیات ویژه:
با عنوان متساوا ترورهای بسیار حساس، خرابکاری ها و اقدامات شبه نظامی دقیق و پروژه های جنگ روانی را انجام می دهد. این بخش مسئولیت ترور شخصیت های ویژه و نظامی فلسطینی را برعهده دارد.
بخش LAP:
مسئول اجرای جنگ روانی، تبلیغات و عملیات فریب میباشد که تهاجمات فرهنگی و اخبار دروغ نشر شده در مطبوعات جزو اقدامات این بخش است.
بخش تحقیقات:
مسئول تولید اطلاعات نظیر گزارش های روزانه، خلاصه وضعیت های هفتگی و گزارش های مشروع ماهانه. این بخش در قالب ۱۵ بخش ویژه جغرافیایی یا دفاتر منطقه ای سازماندهی شده است که شامل ایالات متحده آمریکا، کانادا و اروپای غربی، آمریکای لاتین، کشورهای سابق اتحاد جماهیر شوروی، چین، آفریقا، مغرب (مراکش)، الجزایر، تونس، لیبی، عراق، اردن، سوریه، عربستان سعودی، امارات متحده عربی و ایران میباشد. یک بخش هسته ای نیز متمرکز بر موضوعات خاص و مرتبط با تسلیحات هسته ای تشکیل شده است. که معمولاً جزو سری ترین بخش ها است.
بخش تکنولوژی:
مسئول توسعه فناوری های پیشرفته برای پشتیبانی فنی ازعملیات موساد است. در آوریل ۲۰۰۱ موساد یک آگهی استخدام در رسانه های اسرائیلی درج کرد مبنی بر اینکه به تعدادی مهندس الکترونیک و متخصص کامپیوتر برای واحد تکنولوژی موساد نیاز دارد.
در سال ۱۹۹۶ در یک نشریه چاپ آمریکا مطلبی درج شد که بخش اطلاعات عملیات موساد ادعا کرده است بزرگترین ترورهای دنیا را ۱۰ دقیقه قبل از وقوع شناسایی میکند، در حالی که قبلاً CIA فاش کرده بود این اقدامات را ۸ دقیقه قبل از وقوع ترور شناسایی میکند.